通常我們可用于ELISA試劑盒檢測的樣本是有多種類型的，如血清、血漿、尿液、細胞培養上清或組織勻漿液等，不同類型的檢測樣本前期的處理方法是不一樣的。正確的處理樣本是保證ELISA檢測的正確性和準確性的第一步，下面簡單介紹一下不同類型的樣本的處理方法。
1、  血清
血清是最常用于ELISA檢測的一類樣本，處理也比較簡單。
用無熱原、無內毒素的試管或離心管采集血液標本，將試管或離心管室溫放置2小時或4℃過夜，使血清析出。(最好將試管或離心管傾斜放置，使液面橫截面增大，能使血清更大程度的析出)4℃ 1000×g離心20分鐘，仔細收集上清。建議將血清分裝多份，-20℃或-80℃保存，避免反復凍融。
采血過程中應避免溶血，因為紅細胞裂解時會釋放具有過氧化酶活性的物質，在以HRP為標記的ELISA檢測中會有非特異性的顯色，而導致檢測的不準確性。同時也應避免細菌污染，因為菌體內可能含有內源性的HRP從而導致檢測的假陽性。

2、血漿

用含抗凝劑的采血管或離心管采集血液標本，標本采集后30min內4℃ 1000×g離心15min，取上清即血漿。將上清分裝多份，-20℃或-80℃保存，避免反復凍融。避免使用溶血或高血脂的標本。
常用的抗凝劑為EDTA、肝素鈉和枸櫞酸鈉等，檢測時還應仔細閱讀試劑盒說明書，檢查試劑盒是否對抗凝劑有特殊要求。

3、細胞培養上清

取細胞培養上清到離心管，1000×g離心20min，除去細胞碎片及雜質，取上清，-20℃或-80℃保存，避免反復凍融。
4、細胞裂解液
1）吸去培養板內的培養基，用胰酶消化細胞，加適量培養基將細胞從培養板上吹下來。懸浮細胞可省略。
2）收集細胞懸液，1000×g離心10min，棄去培養基，用預冷的PBS潤洗3次。
3）加入適量的預冷PBS或細胞裂解液（臨用前加入蛋白酶抑制劑）重懸細胞。通常6孔板一個孔的細胞量需要150~250μL PBS重懸。
4） 將樣品放入-20℃或-80℃，使樣品冷凍，再放室溫解凍樣品，反復凍融幾次，使細胞充分裂解。也可將樣品進行超聲破碎，以達到裂解的目的。
5） 4℃ 10000×g 離心10min，除去細胞碎片，取上清，-20℃或-80℃保存，避免反復凍融。
5、組織勻漿液
1）將組織樣本用PBS (0.01M, PH 7.4) 沖洗，洗去組織表面殘留的血液或雜質。
2）將組織塊稱重，記錄后剪碎，碎塊應盡量小，便于勻漿得更充分
3）將組織按一定的比例加入預冷的PBS（臨用前加入蛋白酶抑制劑）勻漿，勻漿時置于冰上或冰浴中。(通常按組織重量：PBS體積=1:9的比例勻漿，例如1g的組織樣本對應9mL的PBS，具體體積可根據實驗需要適當調整，檢測后計算樣品濃度時應乘以相應的稀釋倍數)
4）吸取勻漿液到離心管，4℃ 5000×g 離心5~10min，取上清，-20℃或-80℃保存，避免反復凍融。
6、尿液、唾液等其他液體生物樣本
1000×g離心20min，取上清即可檢測。
總的來說，因為ELISA試劑盒只能檢測可溶性蛋白的含量，所以應保證所有樣本均為澄清的液體，沉淀或懸浮物都應離心去除。
為了保證檢測的準確性，保存于-20℃或-80℃的樣本最好在1~6個月內檢測；4℃保存的樣本應在1周內進行檢測。另外，還應保證樣本不含NaN3，因為NaN3會抑制HRP的活性，從而導致假陰性的結果。